《孤岛危机3》的剧情概览可以归纳如下：

故事背景

时间设定在2047年，是《孤岛危机2》故事的后续，纽约市已被CELL公司建造的巨大穹顶“Nanodome”包裹，成为了一个名副其实的雨林都市，里面充满了茂盛的树木、茂密的沼泽地与汹涌的河水，这个穹顶并非如政府宣传的那样纯粹为了保护人类免受外星人袭击，而是CELL企图利用武器和科技征服世界的阴谋的一部分。

在此背景下，先知（Prophet）作为主角重返纽约，肩负起抵抗CELL和外星人的重任，他身着赋予其特殊能力的纳米战斗服，这款战斗服让他能够在四种模式间自由切换，包括重装模式、隐形模式、速度模式和力量模式，从而灵活应对各种战斗情境。

主要剧情

先知研发出了一个非常致命的复合弓箭、增强的纳米服以及毁灭性的外来高科技，成为了这个星球上最致命的猎人，他与反抗军一起，试图破坏CELL公司的统治，并揭露其背后的邪恶动机。

玩家将操控先知，与赛克（Psycho）、克蕾儿·方谭丽（Claire Fontanelli）等角色并肩作战，共同对抗CELL公司和外星人的威胁，他们必须面对外星人的高科技武器以及CELL公司的武装力量，历经重重考验。

在游戏中，先知和反抗军发现了CELL公司的X系统，这是一个旨在遏制外星人Alpha Ceph的装置，当先知和赛可关停X系统核心后，二次防御启动，造成了电力设施自毁，Alpha Ceph被重新释放了出来，并且打开了一个通向Ceph母星的虫洞。

Alpha Ceph的出现，Ceph异形被重新激活，并对地球展开攻击，先知决定杀死Alpha Ceph，结束外来威胁，在一系列激烈的战斗中，先知最终杀死了Alpha Ceph，但由于没有时间破坏Ceph的虫洞结构，他被一道虫洞的光束送入太空。

在地球周围轨道上，先知看到了一个巨大的Ceph军舰通过虫洞到来，他入侵了卫星的大天使武器系统，并用它来摧毁战舰，使虫洞坍缩，在爆炸中，先知撞到了碎片并坠入地球，掉入了灵山岛附近的海域。

结局

在游戏的结局动画中，先知似乎于灵山岛隐居中，收音机拨放的演讲内容也暗示前作的CIA特工史崔克兰当选参议员，并领导重建秩序，先知的纳米服中的神经块被移除，衣服的外层变成了先知原来的身体，使他重获新生，他走到海滩，扔掉了前小队的狗牌，放弃了他的过去，并决定从此开始用他的真名为“劳伦斯·巴恩斯”。

《孤岛危机3》是一款紧张刺激的第一人称射击游戏，它融合了科幻元素、动作冒险和战略战术等多种玩法，玩家在游戏中将体验到先知作为纳米战士的绝境重生之旅，以及他在异种侵袭下的末日世界中拯救人类的壮丽史诗。