《生化危机6》的故事背景设定在全球生化危机事件爆发后的混乱时期，病毒的迅速扩散让无数城市陷入恐慌，丧尸横行，政府和特种部队虽然奋力抵抗，但局势依然每况愈下，在这样的背景下，四位主角——里昂、克莱尔、杰克和艾达各自带着不同的背景和目的，踏上了寻找解决这场灾难方法的征途。

里昂是一位经验丰富的执法者，在西班牙执行保护美国总统女儿阿什莉的任务时，意外发现了一个巨大的阴谋，这个阴谋涉及到一个名为“BSAA”的秘密组织和一个神秘人物西蒙斯，调查的深入，里昂不仅要面对丧尸的威胁，还要与BSAA的特工展开战斗，他最终成功揭露了西蒙斯的真面目，并拯救了阿什莉。

克莱尔为了寻找失踪的哥哥克里斯，前往非洲，在那里，她发现了一个名为“杰拉德”的疯狂科学家正在进行危险的实验，试图制造出一种能够控制人类思维的病毒，克莱尔不仅要与杰拉德及其手下展开战斗，还要在混乱中寻找哥哥的下落，她的勇敢和智慧最终让她找到了克里斯，并揭露了杰拉德的阴谋。

杰克是一名年轻的雇佣兵，天生免疫C病毒，西蒙斯发现杰克是阿尔伯特·威斯克的儿子，体内含有C病毒的抗体，为了防止C病毒的疫苗研发成功，西蒙斯派特工雪莉·博肯前去引杰克回国，杰克和雪莉一起战斗，躲避追杀，并寻找制作疫苗的方法，他们不仅要面对由杰克队友变成的鬼煞，还要提防BSAA的误认攻击，他们最终成功制作出疫苗，并摧毁了C病毒的源头。

艾达则是一名神秘的特工，她曾经是西蒙斯的下属，但在逐渐发现西蒙斯的阴谋后选择离开，艾达追寻着这一切的幕后黑手，并逐步揭开真相，她的行动看似与主线剧情无关，但实际上起着重要的推动作用，艾达不仅成功揭露了西蒙斯的计划，还与其他主角一起对抗共同的敌人。

在这场生化危机的背后，还隐藏着一个更为惊人的秘密，红女王这个在游戏中多次出现的神秘角色，其实是创始人A女儿的形象，也就是爱丽丝小时候的样子，她的真身已经是90多岁的形象，并且是保护伞公司50%股份的持有者，红女王联络了爱丽丝，告诉她有T病毒的抗体在保护伞公司地下，让她在48小时内取到并散布到大气里，就可以拯救人类，红女王的行动也受到了创始人B的制约，她不能违背创始人的命令，也不能杀死保护伞公司的员工。

在游戏/电影的结局中，各个主角汇聚到一起，共同面对最后的敌人，他们发现，这场生化危机的根源远比他们想象的要复杂和可怕，一个足以毁灭世界的力量正在逐渐觉醒，而西蒙斯正是这个力量的幕后黑手，经过激烈的战斗，主角们成功地击败了敌人，但世界也已经变得面目全非，在战斗的过程中，他们付出了巨大的牺牲，但也展现出了无比的勇气和坚韧。

《生化危机6》是一场全球浩劫下的生存之战与终极对决，它展现了人性的光辉与阴暗、责任与担当、希望与毁灭等深刻的主题，这些元素共同构成了这部作品丰富而引人入胜的故事框架。